UU No. 10 Tahun 2004 tentang Pembentukan Peraturan Perundang-undangan (UU PPP) menetapkan bahwa Perencanaan penyusunan undang-undang dilakukan dalam suatu Program Legislasi Nasional dan disusun oleh DPR dan presiden dengan dikoordinasikan oleh DPR melalui alat kelengkapannya yang menangani bidang legislasi, yaitu Baleg. Sedangkan penyusunan Prolegnas di lingkungan pemerintah dikoordinasikan oleh menteri yang tugas dan tanggung jawabnya meliputi bidang peraturan perundang-undangan, dalam hal ini Menteri Hukum dan Hak Asasi Manusia (Menhukham).
Meskipun di dalam UU No. 10 Tahun 2004 ini tidak diatur secara jelas dan tegas mengenai prosedur pembuatan UU, pada saat ini telah disiapkan Peraturan Presiden yang mengatur tata cara mempersiapan suatu UU yang telah disampaikan ke Presiden untuk ditandatangani. Selanjutnya ditegaskan oleh Dirjen Peraturan Perundang-undangan bahwa sutu UU harus dimulai dengan suatu naskah akademik oleh departemen yang bersangkutan. Sesudah itu diteruskan dengan proses permohonan izin prakarsa dan kemudian baru dipersiapkan RUU dengan mengadakan rapat interdep, baru disampaikan kepada Menteri Hukum dan HAM untuk diadakan harmonisasi mengenai urgensi suatu RUU.
Apabila tiba saatnya PP tersebut diberlakuakan maka BPHN sebagai instansi yang bertugas melaksanakan sebagain tugas Departemen Hukum dan HAM harus meningkatkan perannya dalam menyiapkan Naskah Akademis yang dapat diimplementasikan kedalam RUU yang disiapkan. Sehingga perlu dilakukan koordinasi antara BPHN dan Ditjen Peraturan Perundang-undangan agar Naskah Akademis yang akan disiapkan memang benar-benar dibutuhkan sebagai materi muatan suatu RUU.
Selanjutnya mekanisme penyusunan Prolegnas masih perlu dikaji mengingat format penyusunan Prolegnas yang saat ini dilakukan berbeda dari tahun sebelumnya.Jika Prolegnas 2001-2005 disusun berdasarkan Propenas 2001-2005 maka tidak demikian halnya dengan Prolegnas 2005-2009. Implikasi dilaksanakannya pemilihan presiden secara langsung berakibat pula pada proses penyusunan rencana pembangunan. Saat ini Propenas tidak ada lagi karena tidak ada lagi lembaga MPR yang berada di atas presiden. Rencana pembangunan merupakan penjabaran visi dan misi presiden yang dipilih secara langsung.
Perubahan konteks perencanaan pembangunan ini diatur dalam UU No. 25 tahun 2004 tentang Sistem Perencanaan Pembangunan Nasional (UU SPPN). Dalam Pasal 14-19 UU SPPN, diatur mengenai Rencana Pembangunan Jangka Menengah (RPJM). RPJM dibuat dengan mekanisme yang ada dalam UU SPPN tersebut dan harus diselesaikan paling lambat tiga bulan setelah Presiden dilantik (Pasal 19 ayat (1)). Dari RPJM inilah seharusya Prolegnas dibuat, sehingga ada kesesuian antara program yang akan dijalankan oleh pemerintah dengan legislasi yang akan dibuat DPR.